import processing

vstup = "D:/PHD/výučba/Python/cvičenia/vrstvy_python/vodne_toky_sjtsk.shp"
clip_vrstvy = "D:/PHD/výučba/Python/cvičenia/vrstvy_python/ke-kraj.shp"
vystup = "D:/PHD/výučba/Python/cvičenia/vrstvy_python/ke_kraj_toky.shp"

processing.run("native:clip",{"INPUT":vstup,
"OVERLAY":clip_vrstvy, "OUTPUT":vystup})

iface.addVectorLayer(vystup, "", "ogr")