import processing
vstup = "D:/PHD/výučba/Python/cvičenia/vrstvy_python/ke-kraj.shp"
linia = "D:/PHD/výučba/Python/cvičenia/vrstvy_python/vodne_toky_sjtsk.shp"
clip = "D:/PHD/výučba/Python/cvičenia/vrstvy_python/ke-kraj-rieky.shp"

processing.run("native:clip", {'INPUT':linia,\
'OVERLAY':vstup,\
'OUTPUT':clip})
iface.addVectorLayer(clip, '', 'ogr')